但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。

廣州環控農業生物科技有限公司針對如何防止水產養殖疾病的滋生做出了長時間研究，經過幾年時間的不斷反復研究，發現病毒的滋生主要是因為養殖水體質量變差惡化造成的，很多的病毒在養殖水體質量差的環境中會顯得異常活躍。同時廣州環控經過幾年時間的研究發現，水產養殖戶們所做的防護措施根本是治標不治本的，可能短時間內有效，因為他們根本沒有一整套完整的系統去維持水體環境質量。

高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。