工廠化循環水養殖系統是以工業化手段主動控制水環境，水資源消耗小、占地少、對環境污染小、產品優質安全、病害少、密度高、養殖生產不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產出，低風險實現水產養殖業可持續發展的重要途徑。工廠化循環水養殖采取集約化生產方式，減少了人力成本，降低了餌料系數。10%的養殖面積產出百分百的產量，這僅僅是其優勢之一，更加環保的養殖方式，也提高了養殖品種的品質，可以獲得更好的產品售價和經濟效益。消費者對高品質的水產品需求日益增長，傳統養殖方式產出的水產品沒有太多的附加值空間，利潤小，風險高，已經很難適應高端消費者的需求。

養殖過程中產生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養殖池底的污物有一定效果。無死角的養殖池形狀結合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養次數，過多次數的分養會使魚體受傷，增加魚的應激反應。

在分解細菌的作用下，再進一步轉化成了氨。被魚類吃掉的一部分經過魚類的消化，也轉變成氨。殊途同歸的氨在分子態時是一種劇毒物質。在硝化細菌的作用下，它會被轉化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩定的物質。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術要求。