工廠化循環水養殖系統是以工業化手段主動控制水環境，水資源消耗小、占地少、對環境污染小、產品優質安全、病害少、密度高、養殖生產不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產出，低風險實現水產養殖業可持續發展的重要途徑。工廠化循環水養殖采取集約化生產方式，減少了人力成本，降低了餌料系數。10%的養殖面積產出百分百的產量，這僅僅是其優勢之一，更加環保的養殖方式，也提高了養殖品種的品質，可以獲得更好的產品售價和經濟效益。消費者對高品質的水產品需求日益增長，傳統養殖方式產出的水產品沒有太多的附加值空間，利潤小，風險高，已經很難適應高端消費者的需求。

養殖過程中產生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養殖池底的污物有一定效果。無死角的養殖池形狀結合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養次數，過多次數的分養會使魚體受傷，增加魚的應激反應。

循環水系統處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環水處理系統的功能所在。循環水處理系統首先包括機械過濾部分。這些設備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經常用到的設備是蛋白質分離器、微濾機、精密過濾器等設備。其次，循環水處理系統還有生化過濾設備。這些設備是為了培養相應的微生物來對水中溶解性物質進行分解分離的。