在目前的發展水平下，循環水養殖模式較高的準入門檻使得循環水養殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養殖品種有限，限制了循環水養殖模式的發展。近些年來，經過專家學者和眾多的養殖企業的不斷探索，國內循環水養殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環水養殖系統既是一個復雜的系統工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養殖品種的循環水養殖系統，只要不出現明顯的設計漏洞，系統運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統管理技術和養殖技術來解決。

眾所周知水產養殖*重要的是養殖水的質量，著水產養殖水平的提高，大量餌料、肥料、漁藥等物質投入，帶來大量有機廢物沉積或溶解于養殖水體中，導致有毒有害物質增加和溶解氧供求矛盾激化，造成養殖水質量不斷惡化，這種現象我們稱之為“死水”。很多外塘養殖都會出現這樣的情況，導致水產品的養殖密度低下，達不到社會需要的價值較高的安全水產品。

工廠化循環水養殖系統的典型工藝和裝備是以物理過濾結合生物過濾為主體，對養殖水體進行深度凈化，并集成了水質自動監控系統，實時監測并調控養殖水體質量并可追溯。該系統具有工藝技術完善、水處理效果好、水質狀況穩定、生產操作舒適、設備維護簡便、運行成本低、系統投資省等優點。這是一套簡潔有效的工藝技術路線：魚池出水自流進入微濾機池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質，經水泵提升進入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對水體中的氨氮進行降解，凈化后的水自流回魚池。