但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。

主要目的是存水，以期在枯水期能有足夠的水源進行養殖而已。這種方式沒有考慮水體的循環利用，而純粹出于延長養殖周期。在此基礎上，有部分養殖場為了提高生產效率和應對自然條件限制從而開始了半循環養殖方式。生物絮團是養殖水體中以好氧微生物為主體的有機體和無機物，經生物絮凝形成的團聚物，由細菌、浮游動植物、有機碎屑和一些無機物質相互絮凝組成。

工廠化循環水養殖系統中溶解氧是非常重要的，溶解氧是養殖動物氧氣需求的來源，是養殖動物生存及正常生理活動的根本保證。溶解氧可以氧化殘留有機質跟水體及池底的有害物質，有利于耗氧性微生物生長繁殖，促進有機物降解，減少有毒、有害物質的作用，抑制厭氧微生物的活動。總而言之，溶解氧對于水產養殖，是一個重要的因素之一。在養殖中，偶爾會存在溶解氧不足的情況，溶氧不夠無法提高產量甚至會影響水質，這時我們就必須為養殖水里增氧。增氧的方式有很多種，常見的有羅茨風機、高壓風機、液氧罐、制氧機等等。