生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。

工廠化循環水養殖系統中溶解氧是非常重要的，溶解氧是養殖動物氧氣需求的來源，是養殖動物生存及正常生理活動的根本保證。溶解氧可以氧化殘留有機質跟水體及池底的有害物質，有利于耗氧性微生物生長繁殖，促進有機物降解，減少有毒、有害物質的作用，抑制厭氧微生物的活動?？偠灾芙庋鯇τ谒a養殖，是一個重要的因素之一。在養殖中，偶爾會存在溶解氧不足的情況，溶氧不夠無法提高產量甚至會影響水質，這時我們就必須為養殖水里增氧。增氧的方式有很多種，常見的有羅茨風機、高壓風機、液氧罐、制氧機等等。

循環水養殖系統難點是解決氮循環的問題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環控公司的解決方案是在循環水養殖系統中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開。目前循環水養殖設備已實現工廠化生產，做到了養殖池與養殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環水養殖系統中，實現養殖水的循環利用。