RT-PCR逆轉錄引物設計原則:1.上下游引物要保守:擴增子長度需選擇一段保守片段(100-200bp)進行PCR擴增,選擇片段需跨越內含子,因內含子的基因組DNA序列不會被擴增,也可減少從污染的基因組DNA中擴增得到的假陽性風險。引物選取同樣需要保守。2.引物長度和Tm值:引物設計長度為18-25bp,Tm值在50-65℃之間,引物中GC含量在40-60%。設計引物時盡量避免出現4個或超過4個G堿基。RT-PCR實驗陰性對照:反轉錄陰性對照應包括在所有的RT-PCR的實驗中,用來檢測DNA是否污染(如基因組DNA或PCR產物)。該對照所指不加反轉錄酶,通過反轉錄過程得到cDNA在進行熒光定量PCR檢測。如檢測到擴增,則樣本中可能含有基因組DNA污染。逆轉錄PCR在檢測病毒、診斷疾病等方面有普遍應用。南京miQP2逆轉錄混合純度高
反轉錄酶的用處:由它催化轉錄合成的DNA稱為互補DNA(cDNA)。通常情況下,細胞內的轉錄應由DNA到RNA的,所得RNA為信使RNA(mRNA)供蛋白質合成作模板用。而在部分RNA病毒中,要實現自身擴增,必須具有DNA,因此先由RNA逆轉錄合成cDNA再由cDNA轉錄出RNA。逆轉錄酶可用RT—PCR,將RNA轉變為DNA后擴增,以獲得RNA的序列。1970年從致死RNA病毒中發現了反轉錄酶,并認為此酶與病毒的致死性質有關。反轉錄酶也分布于某些正常細胞和胚胎細胞。反轉錄酶的發現表明不能把生物的遺傳信息由DNA→mRNA→蛋白質非常化,遺傳信息也可以從RNA傳遞到DNA。它促進了分子生物學、生物化學和病毒學的研究,已成為研究這些學科的有力工具。長春市莖環法逆轉錄混合實時熒光PCR檢測需要經過逆轉錄反應。
逆轉錄酶實驗一步法與兩步法具有以下區別:一步法比兩步法更快速、簡便、減少了污染機會、減少了RNA二級結構、減少了PCR反應的錯配率;兩步法的優勢在于中間產物cDNA,便于保存;且第二步PCR只取逆轉錄反應產物的1/10進行反應,有利于PCR條件的調整,實驗重現性強;兩步法可以在第二步PCR反應體系中加入特異性引物,其靈敏度比一步法高;兩步法包括首先鏈cDNA合成和隨后的PCR反應,容易產生污染問題;兩步法的實驗預算要低于一步法。
逆轉錄引物:加尾法逆轉錄引物的結構并不是想象中那么簡單的oligodT,其包含三個關鍵結構:①為了與PolyA序列互補配對,OligodT序列必不可少。②在OligodT序列的5端,存在一段通用序列,用于qPCR過程中反向引物與cDNA的結合。③OligodT序列的3端存在一個或兩個錨定堿基,V或者VN。(兼并堿基,V表示A、G或C,N表示ATCG中的任意一種)。如果沒有錨定堿基,逆轉錄引物中的OligodT就會隨機結合到PolyA的任意位置,這樣會造成同一miRNA的逆轉錄產物長度不一,給較后的熔解曲線檢測帶來麻煩。因此,錨定堿基的作用就是特異性地結合到miRNA上,從而讓逆轉錄引物結合到緊挨著miRNA的那段PolyA序列上。只有這樣,才能夠保證同一miRNA的逆轉錄產物大小相同。逆轉錄實驗過程中避免光照,防止RNA樣品和試劑受光降解或刺激。
逆轉錄酶實驗流程:從細胞材料中提取RNA→RNA加入到含有逆轉錄酶、引物、dNTPs的反應體系中→退火,引物與RNA鏈配對→延伸,逆轉錄酶合成互補cDNA鏈變性→常規PCR反應流程(變性、退火、延伸,如此多次循環)。RT-PCR“兩步法”與“一步法”RT-PCR的實驗操作分為“一步法”與“兩步法”兩種。一步法RT-PCR能克隆微量mRNA而不需構建cDNA文庫(即cDNA合成與PCR反應在同一Buffer及酶中進行,一步法完成),省略了cDNA與PCR之間的過程。兩步法RT-PCR首先用反轉錄酶合成cDNA,然后以cDNA為模板進行PCR,即RNA反轉錄與PCR擴增分兩步進行。逆轉錄過程的揭示是分子生物學研究中的重大發現,是對中心法則的重要修正和補充。南京快速逆轉錄混合企業
逆轉錄后的DNA可用于構建基因工程載體。南京miQP2逆轉錄混合純度高
miRNA的加尾法逆轉錄和qPCR,miRNA與mRNA的在qRT-PCR過程有所不同。一般來講,mRNA比較長,其長度通常在幾百至幾千個核苷酸,因此使用隨機引物(RandomPrimerp(dN)6)即可隨機結合到mRNA的各位置進行逆轉錄。由于qPCR的過程只需擴增目的片段的一部分(80~200bp),因此使用隨機引物的逆轉錄產物盡管不完整,也完全能夠滿足qPCR的需求。當然,也可以使用OligodT引物統一從mRNA的ployA尾巴開始逆轉錄。這種逆轉錄引物在擴增cDNA全長時是必須的,但要注意,原核生物的mRNA和某些lncRNA不具有ployA尾,因此不能使用OligodT引物進行逆轉錄。南京miQP2逆轉錄混合純度高
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