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快速逆轉錄混合測序

來源: 發布時間:2023-09-04

逆轉錄(reversetranscription)是以RNA為模板合成DNA的過程,即RNA指導下的DNA合成。此過程中,核酸合成與轉錄(DNA到RNA)過程與遺傳信息的流動方向(RNA到DNA)相反,故稱為逆轉錄。逆轉錄與反轉錄嚴格意義上來說沒有什么區別,但是逆轉錄是某些病毒的自主行為,如逆轉錄病毒,它們在整合到宿主細胞內前以RNA為模板形成DNA的過程;反轉錄是進行基因工程過程中,人為地提取出所需要的目的基因的信使RNA,并以之為模板人工合成DNA的過程。二者雖同為RNA→DNA的過程,但地點不同,相對性的來說,逆轉錄在體內,反轉錄在體外。逆轉錄實驗過程中要使用干燥無菌的管頭和標本采集器避免受外界污染。快速逆轉錄混合測序

逆轉錄常見問題及解決方法之RNA濃度不高:a)、原始組織樣本或細胞量太少:提高加入量。b)、RNA發生降解:如果使用者確定提取RNA的試劑/器具沒有問題,RNA的降解通常發生在樣品破碎/勻漿階段。有兩個辦法可以徹底抑制內源RNase活性:1.立即加入裂解液并且徹底而迅速地勻漿。這只適合培養細胞及內源RNase含量較低的并且較容易勻漿的組織,2.對于內源RNase含量高或不易勻漿的組織,如肝臟、胰腺、脾臟、肌肉等,或植物組織,需要切成小塊后立即投入液氮冷凍,再按說明進行破碎/勻漿。c)、加入異丙醇后室溫沉淀10min或-20C冰沉淀30min即可,無需過夜沉淀??焖倌孓D錄混合測序逆轉錄過程是病毒的復制形式之一,如RNA病毒中的逆轉錄病毒。

逆轉錄的發現有重要的理論意義和實踐意義。對分子生物學的中心法則進行了修正和補充。經典的中心法則認為:DNA的功能兼有遺傳信息的傳遞和表達,因此,DNA處于生命活動的中心位置。逆轉錄現象說明:至少在某些生物中,RNA同樣兼有遺傳信息傳遞和表達功能。修正后的中心法則表示為:是指遺傳信息從DNA傳遞給RNA,再從RNA傳遞給蛋白質,即完成遺傳信息的轉錄和翻譯的過程。也可以從DNA傳遞給DNA,即完成DNA的復制過程。這是所有有細胞結構的生物所遵循的法則。某些病毒中的RNA自我復制和在某些病毒中能以RNA為模板逆轉錄成DNA的過程(某些致死病毒)。有些亞病毒例如朊病毒,這種亞病毒沒有核酸,是一種因錯誤折疊而形成的結構異常的蛋白質,以蛋白質直接形成蛋白質,可促使與自身具有相同氨基酸序列的蛋白質發生同樣的折疊錯誤,從而導致大量結構異常的蛋白質的形成。當然,一般不認為亞病毒屬于生物。

逆轉錄酶還有DNA內切酶活性,這可能與病毒基因整合到宿主細胞染色體DNA中有關。逆轉錄酶的發現對于遺傳工程技術起了很大的推動作用,它已成為一種重要的工具酶。用組織細胞提取mRNA并以它為模板,在逆轉錄酶的作用下,合成出互補的cDNA,由此可構建出cDNA文庫(cDNAlibrary),從中篩選特異的目的基因,這是在基因工程技術中較常用的獲得目的基因的方法。簡要過程表示:逆轉錄酶的作用是以dNTP為底物,以RNA為模板,tRNA(主要是色氨酸tRNA)為引物,在tRNA3'-末端上,按5'→3'方向,合成一條與RNA模板互補的cDNA單鏈,它與RNA模板形成RNA-cDNA雜交體。隨后又在反轉錄酶的作用下,水解掉RNA鏈,再以cDNA為模板合成第二條DNA鏈。至此,完成由RNA指導的DNA合成過程。病毒復制方式:逆轉錄病毒(屬于RNA病毒):RNA→DNA→RNA。擬逆轉錄病毒(屬于DNA病毒):DNA→RNA→DNA。HIV病毒復制的一個重要步驟就是逆轉錄。

逆轉錄是指以RNA為模板合成與其互補的cDNA的過程。逆轉錄PCR是將RNA的逆轉錄(reversetranscription)和cDNA的聚合酶鏈式反應(PCR)相結合的技術,故逆轉錄稱為RT-PCR或反轉錄PCR。逆轉錄PCR實驗原理是,提取組織或細胞中的總RNA,以RNA為模板,利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA,再以cDNA鏈為模板進行PCR擴增,從而獲得大量拷貝。逆轉錄PCR的出現使RNA檢測的靈敏性提高了幾個數量級,使一些極為微量RNA樣品分析成為可能。RNA逆轉錄實驗注意事項:選擇合適的引物:隨機引物法逆轉錄產生的片段較小,很難得到全長轉錄本的cDNA。單獨選擇某一種引物,實驗可能都不完美,具體需要根據實驗目的來確定。逆轉錄可用于新型病毒的檢測??焖倌孓D錄混合測序

逆轉錄是許多病毒復制中必不可少的步驟。快速逆轉錄混合測序

miRNA的加尾法逆轉錄和qPCR,miRNA與mRNA的在qRT-PCR過程有所不同。一般來講,mRNA比較長,其長度通常在幾百至幾千個核苷酸,因此使用隨機引物(RandomPrimerp(dN)6)即可隨機結合到mRNA的各位置進行逆轉錄。由于qPCR的過程只需擴增目的片段的一部分(80~200bp),因此使用隨機引物的逆轉錄產物盡管不完整,也完全能夠滿足qPCR的需求。當然,也可以使用OligodT引物統一從mRNA的ployA尾巴開始逆轉錄。這種逆轉錄引物在擴增cDNA全長時是必須的,但要注意,原核生物的mRNA和某些lncRNA不具有ployA尾,因此不能使用OligodT引物進行逆轉錄。快速逆轉錄混合測序

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