但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。

工廠化循環水從水處理的側重點不同分為機械模式和生化模式，主要區別就是看能耗大小，本文所講的是生化模式。這個模式能否成功，與虹吸能否順利運行有直接關系，虹吸設備需要時常維護否則會莫名其妙的失效。有人說：我都準備投入了30萬，你告我天天還得維護，這是搞毛線啊？虹吸失敗的話，整個系統視養殖密度在兩天到四天以內崩潰----魚蝦死光光。工廠化循環水系統的重點是凈水系統，占比50%；生物習性占30%；其他的溶氧恒溫等條件的占比20%。

次氯酸該氧化劑對魚具有很強的穿透殺傷力，它使魚體分泌的粘液失去了對魚的保護作用，導致其體內電解質代謝嚴重失調，并在缺氧的狀態下窒息死亡，所以，用沒有經過處理的自來水直接養魚是不恰當的。由于一些家庭會養殖一些觀賞魚，換水時自會用到自來水，在這里建議大家先把要換的自來水置放一段時間，因為氯在水中溶解度極小，極易揮發，將自來水沉淀或放置24小時，或在陽光下暴曬后再將魚放入水中，冬天自來水盡量放置2至3天再用。