生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。

在水產養殖中，底改顧名思義應該就是改良池塘底部理化條件的意思，讓池塘底部的理化條件能夠在適合養殖對象的生存，而這些良好池塘底部理化條件又決定了池塘底部的微生態圈，從而又決定了池塘有相對高溶解氧、有氧的代謝氨氮和亞*酸鹽等氮循化，起到維護水體生物穩定性的營養庫作用。底改就是為了池塘底部保持合適的（不太多也不太少）有機物含量，以發揮池塘營養庫作用提高池塘生產力同時耗氧量不會太高。也就是說：避免底泥太瘦水體藻生長不穩定，同時避免底泥太肥耗氧量太高而水質惡化。很多水產養殖戶對于改底也沒有太多的辦法，主要是通過撒生石灰對底部消毒這種傳統辦法改底，這樣是遠遠不夠的。

很多人會問自來水可以進行水產養殖嗎，答案是否定的。讓我們來先了解一下魚的免疫系統，魚身體的表皮層內長有一種杯狀細胞，不斷地在分泌著粘液，使魚體減少游在水中的摩擦，同時，粘液又能保護魚體不受寄生物、霉菌、細菌和其他微小生物的侵蝕，并使皮膚具有一種正常的滲透能力。為什么說自來水不適合水產養殖呢，因為自來水中主要含有"氯"的成份。自來水中的氯卻是一種強氧化劑，在水中生成很不穩定的強氧化劑---次氯酸。