保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據要求調節水溫和換水量。養殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝/酸鹽、硝/酸鹽、磷S鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創造一個良好生長的環境。

我們應該用目標產量和預算來衡量需要做多大面積的工廠化循環水養殖系統，而不是簡單的用面積來做對比。 工廠化循環水養殖系統前期投入相對較高，如果簡單套用原來池塘養殖的經驗和面積，總投資額會是一個很龐大的數字，普通養殖戶難以接受，也無形中放大了工廠化循環水養殖的高投入印象，不利于養殖戶對工廠化養殖產生合理的理解。 在從傳統池塘養殖轉換到工廠化循環水養殖的過程中，我們可以用一個簡單的比例來進行換算，同樣的產量，工廠化循環水養殖僅需池塘養殖面積的10%。有了這個比例，就能更科學的規劃養殖面積和預算。

水體的鹽度和硬度都能達到飽和進而析出，所以必須在系統內部放置植物。可以在水體內放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會遮光，避免魚被日光照射，同時還能收獲大量蔬菜和魚食。整個系統是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機鹽，再就是給水體加溫，應盡可能的加大日光采集。