傳統養殖方式如池塘養殖和網箱養殖，存在著占地面積大，適合養殖的地域有限，污染環境，易受地理氣候條件影響，容易因自然災害造成減產等劣勢，其越來越嚴重的環境問題和產品安全性問題，難以實現可持續性發展。與傳統養殖方式相比，循環水養殖生產每單位水產品可以節約50～100倍的土地和160～2600倍的水，比傳統養殖節約90%～99%的水和99%的土地，并且幾乎不污染環境。

高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。

我國是世界上水產養殖規模大的國家，但由于傳統養殖方式存在的規范化程度低、養殖模式簡單、水資源浪費大、污染嚴重等問題，導致產能嚴重滯后。近年，由中國水產研究院聯合相關科研和推廣部門，對工廠化循環水養殖系統開展了全面研究。我國的南方地區海岸線長，網箱和土塘養殖發達，但存在各種魚、蝦苗種供應不足和孵化育苗存活率低、臺風等自然災害較多、工業污染水源等問題。