我國工廠養殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養殖、半封閉循環水養殖為主，真正意義上的全封閉循環水養殖企業較少。流水養殖和半封閉養殖方式產量低（單位水體產量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術密集型的循環水養殖系統相比，在系統的循環水率、系統輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平，在設備、工藝、產量（先進技術的產量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統的構建、凈化效率和穩定性、系統集成度、系統穩定性等方面仍存在著一定的差距。

我們應該用目標產量和預算來衡量需要做多大面積的工廠化循環水養殖系統，而不是簡單的用面積來做對比。 工廠化循環水養殖系統前期投入相對較高，如果簡單套用原來池塘養殖的經驗和面積，總投資額會是一個很龐大的數字，普通養殖戶難以接受，也無形中放大了工廠化循環水養殖的高投入印象，不利于養殖戶對工廠化養殖產生合理的理解。 在從傳統池塘養殖轉換到工廠化循環水養殖的過程中，我們可以用一個簡單的比例來進行換算，同樣的產量，工廠化循環水養殖僅需池塘養殖面積的10%。有了這個比例，就能更科學的規劃養殖面積和預算。

在藻類生長所需的大量元素中，磷、氮通常是水體浮游植物增長的限制性因子，總氮大于1.2毫克/升、總磷大于0.11毫克/升時水體開始富營養化，在淡水中當總磷小于0.1毫克/升時藻類生長發展為磷限制。而過高的磷輸入如總磷為1.65毫克/升，并不能促進藻類生長。要培養出養殖所需要的有益藻、抑制藍藻、裸藻等有害藻，我們需要重點關注一些化學指標，總堿度、硬度、鹽度、氮、磷、碳以及微量元素鈣、鐵、錳、鋅等有可能成為限制性因子的指標。池塘中的有機質含量可通過檢測水中有機耗氧量得知，水中有機質含量高，氮磷的含量也會高，在降氨氮同時可以降低水體有機質含量。