二代測序——轉錄組測序的背景和基本原理
1、背景:在基因表達過程中,DNA 轉錄為 RNA,轉錄后的 RNA 會經過一系列加工,包括剪接等過程形成成熟的 mRNA,然后進行翻譯產生蛋白質。轉錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內研究基因的表達情況,相比于傳統的基因表達研究方法(如芯片技術),它具有更高的分辨率和更廣的檢測范圍。
2、原理:首先從樣本(如細胞、組織)中提取總 RNA,然后將 RNA 反轉錄為 cDNA(互補 DNA)。這些 cDNA 會構建測序文庫,在文庫中加入特定的接頭序列,以便后續在測序平臺上進行測序。測序過程中,測序儀會讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過生物信息學分析,將這些短序列(reads)比對到參考基因組或進行從頭組裝(如果沒有參考基因組),從而確定轉錄本的序列和表達量。 二代測序廣泛應用于基因組學研究。寧夏哪里有二代測序公司
什么樣本可以做二代測序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細胞,其細胞核內有完整的基因組DNA。通過提取白細胞中的DNA,可以進行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對與疾病相關的基因或整個外顯子組進行測序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細胞會釋放其DNA片段進入血液循環,這些cfDNA被稱為循環**DNA(ctDNA)。通過對血漿中的ctDNA進行測序,可以實現**的早期篩查、***過程中的動態監測等。例如,對于肺*患者,檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據。 貴州嘉安健達二代測序價格二代和三代測序的區別?
①二代測序一般多久出結果?
二代測序(Next-GenerationSequencing,NGS)出結果的時間會受到多種因素的影響,一般在數天到數周不等。
1、樣本類型和質量
不同的樣本類型處理時間不同。例如,血液樣本相對容易處理,提取DNA的過程比較常規。如果是組織樣本,可能需要先進行樣本的解離等復雜操作。如果樣本質量高,DNA提取和文庫構建等前期工作會比較順利,能加快整體進程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質量問題,可能需要重新提取樣本或者進行DNA修復等操作,這會**延長時間。例如,對于新鮮血液樣本,DNA提取可能在1-2天內完成;而對于一些福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本,可能需要3-5天來完成高質量DNA的提取和后續的優化處理。
一代、二代、三代測序的技術原理和技術特點分別是什么?
技術原理:
一代—雙脫氧終止法
二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像
三代—PacBio SMRT測序技術
技術特點:
一代—只能檢測序列一致的PCR產物;讀長可以較長,比如Sanger可以達到幾百bp;通量低,一次只能檢測少量的序列;成本低;
二代—可以并行測序;需要放大信號才能檢測;通量大,可以產生上G的reads;讀長較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高
三代:可以并行測序;不需要放大信號,對單個分子進行測序;通量大,比如SequelII平臺,一張芯片可以有800萬個ZMW;讀長較長;測序精確度較差;成本高; 二代測序與Sanger測序相同嗎?
二代測序—全外顯子測序的優勢
針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質的區域,這部分區域雖然只占整個基因組的 1 - 2% 左右,但包含了大部分與疾病相關的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。
成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區域)進行測序,在一定程度上減少了數據量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。 二代測序的原理是什么?四川二代測序檢測
NGS測序是二代測序嗎?寧夏哪里有二代測序公司
二代測序——蛋白質甲基化
概念及位置:蛋白質甲基化是指在蛋白質的氨基酸殘基上添加甲基基團。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調節蛋白質 - 蛋白質相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變染色質的結構和功能,影響基因的可及性。當組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發生甲基化時,會招募不同的蛋白質復合物,從而***或抑制基因轉錄。2、調節酶的活性:某些酶的活性可以通過蛋白質甲基化來調節。甲基化可能改變酶的活性中心的結構或者影響其與底物的結合能力。
檢測方法:質譜分析:這是一種***用于檢測蛋白質甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質分子的質量,通過比較甲基化和未甲基化蛋白質的質譜圖,可以鑒定甲基化位點和修飾程度。 寧夏哪里有二代測序公司