微生物基因組——數據組裝后的分析步驟 基因預測:利用軟件如Prokka等進行基因預測。這些軟件會根據微生物基因組的序列特征,識別出可能的基因區域。例如,通過尋找開放閱讀框(ORF)來確定基因的位置和范圍。對于細菌基因組,由于其基因結構相對簡單,基因預...
二代測序的建庫步驟①樣本準備樣本采集:根據研究目的采**適的樣本,如血液、組織、細胞等。例如,在**研究中,可能會采集**組織和對應的正常組織。對于血液樣本,一般采用靜脈穿刺采集外周血,收集在含有抗凝劑(如EDTA)的**管中,以防止血液凝固。組織樣本則需要在...
常見的二代測序類型① 全基因組測序(WGS):對生物體整個基因組進行測序,涵蓋所有基因、非編碼區域、調控區域等。能***檢測基因組變異,但數據量和成本較高,適用于復雜疾病研究、物種進化分析等. 全外顯子組測序(WES):針對基因組中全部外顯子區...
二代測序的優勢和劣勢有哪些?優勢:能夠同時得到大量的序列數據,相比于一代測序技術,通量提高了成千上萬倍;單條序列成本非常低廉。劣勢:序列讀長較短,Illumina平臺為250-300bp,454平臺也只有500bp左右;由于建庫中利用了PCR富集序列,因此有一...
WES測序 WES測序即全外顯子組測序,是基于二代測序技術的新型基因檢測方法,以下是具體介紹: 原理 人類基因組中*1%-5%的外顯子區域編碼蛋白質,卻包含約85%的致病變異。WES測序通過序列捕獲技術富集外顯子區域DNA,再利用高通量測...
WES測序應用領域 遺傳性疾病的診斷和研究:適用于具有遺傳病家族史、發育遲緩、智力障礙、自閉癥、先天性畸形等癥狀的患者,以及經過相應疾病panel檢測結果為陰性、需要更大范圍尋找可能遺傳病因的患者等。可以發現與遺傳病相關的基因突變和變異,為遺傳病的診...
什么是chip-seq? Chip-seq即染色質免疫共沉淀測序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一種結合染色質免疫共沉淀(ChIP)技術與高通量測序(NGS)的分子生物學技術,可在全基因組范圍內檢測...
什么樣本可以做二代測序?① 1、血液樣本 全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細胞,其細胞核內有完整的基因組DNA。通過提取白細胞中的DNA,可以進行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA...
二代測序的建庫步驟②二、片段化處理物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調整超聲功率和時間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一...
二代測序——轉錄組測序的實驗流程(下)測序根據研究需求和預算選擇合適的測序平臺,如Illumina測序平臺。它的測序原理主要是邊合成邊測序(SBS)。在測序過程中,dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)帶有不同顏色的熒光標記,當新的dNTP加入到正在合成的DNA鏈時,...
二代測序在代謝組研究中的應用途徑② 調控元件測序輔助代謝組分析 原理:除了對編碼基因的轉錄組測序外,二代測序還可用于分析非編碼RNA(如miRNA、lncRNA等)以及基因的調控元件(如啟動子、增強子等)。miRNA可以通過與靶mRNA結合抑制...
一代、二代、三代測序的技術原理和技術特點分別是什么? 技術原理: 一代—雙脫氧終止法 二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像 三代—PacBio SMRT測序技術 技術特點: 一代—只能檢測序列一致的PCR產物...
二代測序——質量控制類問題 如何評估二代測序數據的質量:主要通過一些質量指標來評估,如Q值(質量值)分布,用于衡量每個堿基的測序質量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預期的基因組GC含量相符;序列重復度,評估數據中重復...
二代測序——微生物基因組應用領域 環境領域 環境微生物監測:對土壤、水體等環境中的微生物群落進行監測。通過二代測序微生物基因組,可以了解環境微生物的多樣性和功能。例如,在監測土壤污染修復過程中,對土壤微生物基因組進行測序,可以發現能夠降解污染物...
一代、二代、三代測序的區別分別是什么? 一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個...
一代、二代、三代測序的區別分別是什么? 一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個...
二代測序——質量控制類問題 如何評估二代測序數據的質量:主要通過一些質量指標來評估,如Q值(質量值)分布,用于衡量每個堿基的測序質量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預期的基因組GC含量相符;序列重復度,評估數據中重復...
一代、二代、三代測序的技術原理和技術特點分別是什么? 技術原理: 一代—雙脫氧終止法 二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像 三代—PacBio SMRT測序技術 技術特點: 一代—只能檢測序列一致的PCR產物...
二代測序的建庫步驟⑥ 六、文庫質量檢測 定量檢測:使用熒光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)來確定文庫的濃度。Qubit是一種基于熒光染料與核酸特異性結合的定量方法,它可以準確地測量DNA或RNA的濃度,并且對不同大小的核...
二代測序—全外顯子測序的原理是什么? 全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術,將基因組 DNA 中的外顯子區域富集起來,然后通過高通量測序技術(如第二代測序技術 Illumina 測序平臺)對富集后的外顯子 DN**段進行測序。其大致步驟包括 DNA 提...
二代測序——微生物基因組應用領域 工業領域 微生物菌株改良:在發酵工業中,通過對工業微生物(如酵母菌、乳酸菌等)基因組測序,找到與發酵性能相關的基因。例如,通過基因編輯技術改造釀酒酵母基因組中與酒精發酵效率相關的基因,提高酒精產量。同時,也可以...
二代測序——應用領域類問題 二代測序在**研究中的應用有哪些:可用于**的早期篩查,通過檢測血液中的循環**DNA;進行**的診斷分型,確定**的基因突變特征;評估***效果,監測***過程中腫瘤細胞的基因變化;預測**的預后,分析與預后相關的基因標...
一代、二代、三代測序的區別分別是什么? 一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個...
二代測序——實驗流程類問題 二代測序的實驗流程包括哪些步驟:首先是樣本準備,提取高質量的DNA或RNA,并進行片段化處理;然后進行文庫構建,在片段兩端連接特定接頭;接著進行文庫質量檢測和定量,合格的文庫上機測序;***對測序得到的原始數據進行生物信息...
轉錄組測序的主要測序對象包括以下幾類(上): 信使RNA(mRNA) mRNA是編碼蛋白質的轉錄本,在轉錄組測序中,可通過對mRNA的測序和分析,了解基因的表達水平、可變剪接情況以及基因結構變異等,從而揭示基因在特定細胞或組織中的功能和調控機制...
二代測序的建庫步驟② 二、片段化處理 物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調整超聲功率和時間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(...
二代測序——轉錄組測序的背景和基本原理 1、背景:在基因表達過程中,DNA 轉錄為 RNA,轉錄后的 RNA 會經過一系列加工,包括剪接等過程形成成熟的 mRNA,然后進行翻譯產生蛋白質。轉錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內研究基因的表達情況,相比于...
二代測序——轉錄組測序的背景和基本原理 1、背景:在基因表達過程中,DNA 轉錄為 RNA,轉錄后的 RNA 會經過一系列加工,包括剪接等過程形成成熟的 mRNA,然后進行翻譯產生蛋白質。轉錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內研究基因的表達情況,相比于...
一代、二代、三代測序的區別分別是什么? 一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個...
不同二代測序技術平臺的速度 Illumina 測序平臺:這是目前市場上應用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運行可以在 1-3 天內產生大量的數據,通量可達數億甚至數十億條讀長,能夠滿足大...