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蘇州二代測序分析

來源: 發布時間:2025-01-02

一代、二代、三代測序的區別分別是什么?

一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。

二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個DNA分子進行測序實現了大規模、高通量測序的目標。

三代測序主要有兩種技術PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術,這兩種技術的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術。 RNA測序也是二代測序。蘇州二代測序分析

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二代測序的建庫步驟⑥

六、文庫質量檢測

定量檢測:使用熒光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)來確定文庫的濃度。Qubit是一種基于熒光染料與核酸特異性結合的定量方法,它可以準確地測量DNA或RNA的濃度,并且對不同大小的核酸片段有較好的定量準確性。通過定量檢測,可以了解文庫的產量,為后續的測序上樣量提供參考。

片段大小檢測:利用瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀(如Agilent2100Bioanalyzer)來檢測文庫片段大小。瓊脂糖凝膠電泳是一種傳統的方法,通過將文庫樣品在瓊脂糖凝膠中進行電泳,根據DNA片段在電場中的遷移速度來判斷片段大小。生物分析儀則可以提供更精確的片段大小分布和濃度信息,它是基于微流體芯片技術,能夠快速、準確地分析文庫質量。 浙江二代測序價格二代測序是基于PCR和基因芯片發展而來的DNA測序技術。

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二代測序——基因組測序該測幾個G?②

人類全外顯子組測序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%,大小約為30M-60M左右,但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區域的變異檢測準確性,一般測序深度在100X-200X之間,數據量大約在3G-12G左右。全外顯子組測序主要關注編碼蛋白質的外顯子區域,能夠高效地檢測出與疾病相關的基因突變,常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動植物基因組測序

常見動植物:對于一些常見的動植物物種,如水稻、小鼠等,其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測序時,測序深度一般在10X-30X左右,數據量在30G-90G之間。如果是進行重測序或特定性狀相關的研究,測序深度可根據具體情況適當調整。

復雜基因組的動植物:部分動植物的基因組較大且復雜,例如某些魚類、植物的多倍體物種等,其基因組大小可能達到數G甚至數十G。對于這類物種的全基因組測序,測序深度可能在5X-10X左右,數據量也會因基因組大小而異,從幾十G到數百G不等。

④二代測序一般多久出結果?

4、數據分析的復雜程度

數據分析是二代測序的重要環節。簡單的分析,如檢測已知的單核苷酸多態性(SNP),可以通過與參考基因組比對后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進行復雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復雜結構變異的檢測或者進行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復雜的算法和更多的計算資源,花費的時間可能從數天到數周。例如,對于常規的SNP檢測和注釋,數據分析可能在1-3天內完成;而對于**樣本中復雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長時間來確保結果的準確性。 二代測序是一種能夠同時對數百萬甚至數十個億DNA片段進行測序的方法。

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二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異④

***性疾病患者

優勢:病原學二代測序可準確檢測病原體的基因序**定病原體種類和基因型,為***性疾病的診斷和***提供依據,在檢測罕見病原體、病毒***等方面具有獨特優勢,有助于快速明確診斷,尤其是對于一些傳統檢測方法難以診斷的***性疾病,如不明原因的發熱、肺炎、腦膜炎等。

局限性:對于低豐度病原體,可能出現假陽性或假陰性結果。樣本質量、測序深度和數據分析方法等因素也會影響準確性,若樣本中病原體含量低或雜質多,可能導致檢測失敗或結果不準確 denovo測序是二代測序嗎?上海二代測序

二代測序可以檢測基因嗎?蘇州二代測序分析

二代測序不同應用場景下的速度有多快?

病原微生物檢測:一般來說,二代測序用于檢測病原微生物時,能夠在幾個小時到一天左右出結果。比如在快速檢測血液中的病原微生物時,通常可以在幾個小時內獲得檢測結果,相比傳統的血液培養方法,時間大幅縮短,傳統血液培養一般需要幾天到一周的時間 。

全基因組測序:如果是對人類全基因組進行測序,以目前的技術水平,使用二代測序技術完成一個人的全基因組測序,一般需要 1-2 天左右的時間。而在十幾年前,人類全基因組測序計劃***完成時,耗費了大量的時間和精力,相比之下二代測序技術的速度提升***。

轉錄組測序:轉錄組測序的時間相對較短,一般幾個小時內可以完成對大量 RNA 分子的測序和初步數據分析,進而快速了解基因在特定條件下的表達情況8. 蘇州二代測序分析

標簽: 二代測序