二代測序的建庫步驟⑤
五、文庫富集(可選步驟)
PCR富集:對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況,可能需要進行PCR富集。利用與接頭序列互補的引物進行PCR擴增,增加文庫中目標DNA片段的數量。在PCR反應中,需要注意引物的設計要與接頭序列準確匹配,并且要優化PCR循環數,避免過度擴增導致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會通過預實驗確定合適的PCR循環數,例如從10-15個循環開始嘗試,通過檢測擴增產物的量和質量來調整循環數。 二代測序廣泛應用于醫學研發。廣西二代測序提供
一代、二代、三代測序的區別分別是什么?
一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。
二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個DNA分子進行測序實現了大規模、高通量測序的目標。
三代測序主要有兩種技術PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術,這兩種技術的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術。 新疆二代測序應用二代測序需要分析嗎?
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異④
***性疾病患者
優勢:病原學二代測序可準確檢測病原體的基因序**定病原體種類和基因型,為***性疾病的診斷和***提供依據,在檢測罕見病原體、病毒***等方面具有獨特優勢,有助于快速明確診斷,尤其是對于一些傳統檢測方法難以診斷的***性疾病,如不明原因的發熱、肺炎、腦膜炎等。
局限性:對于低豐度病原體,可能出現假陽性或假陰性結果。樣本質量、測序深度和數據分析方法等因素也會影響準確性,若樣本中病原體含量低或雜質多,可能導致檢測失敗或結果不準確
什么樣本可以做二代測序?②
組織樣本
新鮮組織:如手術切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細胞完整性較好,能夠提供高質量的DNA和RNA。在**研究中,對新鮮**組織進行全基因組測序、轉錄組測序等,可以深入了解**的基因突變、基因表達變化等情況。例如,在研究結直腸*的發病機制時,對手術切除的結直腸*組織及其*旁組織進行測序,比較兩者之間的差異,以發現**相關的基因變異和表達調控異常。
福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織:這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會有一定程度的損傷和降解,但經過適當的提取和修復處理后,仍然可以用于二代測序。在回顧性研究中,大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來。例如,對多年前保存的乳腺*FFPE組織進行測序,研究乳腺*的疾病進展和***反應相關的基因變化。 二代測序的使用場景都有哪些?
二代測序的建庫步驟④
四、接頭連接
接頭選擇:根據測序平臺的要求選擇合適的接頭。不同的二代測序平臺(如Illumina、IonTorrent等)有各自特定設計的接頭。這些接頭包含與測序平臺的流動池(flowcell)表面互補的序列,用于將DNA片段固定在測序芯片上,還包含用于區分不同樣本的索引序列(index)等。
連接反應:使用DNA連接酶將接頭與DNA片段連接。T4DNA連接酶是常用的連接酶,它可以在ATP(三磷酸腺苷)存在下,將接頭的5'-磷酸基團與DNA片段的3'-羥基形成磷酸二酯鍵,從而將接頭連接到DNA片段的兩端。連接反應的條件(如溫度、連接酶的用量、反應時間等)需要根據具體的實驗要求進行優化,以確保較高的連接效率。 二代測序可以應用在哪些方面?南京嘉安健達二代測序原理
二代測序的成本比一代測序高嗎?廣西二代測序提供
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異③
孕婦及胎兒
優勢:無創產前篩查(NIPT)是二代測序技術用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準確率分別能達到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統血清學篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養細胞,可能與胎兒實際情況不一致,導致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 廣西二代測序提供