循環水養殖系統難點是解決氮循環的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統的解決方案是在循環水養殖系統中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開，這就增加了循環水養殖系統的成本。前循環水養殖設備已實現工廠化生產，實現養殖池與養殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環水養殖系統中，實現養殖水的循環利用。

對于“白便”疾病很多專家也都對其進行研究，據研究報道指出：白便的診斷特點是蝦肝胰腺中內側脫落許多小管上皮細胞，目前把他作為來源于蝦胃的致病菌的一個未知結果毒素。發現對蝦產生的的白色糞便和肝胰腺中有大量蠕蟲狀體（ATM），是肝胰腺微絨毛脫落，原始細胞裂解，形成蠕蟲狀體，像簇蟲而并非簇蟲。白便通過肉眼不難看出，并非消化不好的糞便，而發病蝦很多表現為空腸空胃，不難判斷這個白色物質主要是肝胰臟所產生的分泌物。

項目投產前，首先需要決定養殖品種：因為底息類的魚池設計有區別，同時還需要對生物習性了解清楚：喜歡靜水，還是喜歡頂水；適宜水溫等等條件，不一而足。再了解了生物習性后，工廠化循環水養魚成功與否取決于以下幾個主要條件：溶氧量、水質、水溫，如果是海魚的話還有鹽度。副條件還有：ph、硬度、鹽度(淡水魚)、光照等。買魚苗后先進行觀察篩選（15天以上），把那些狀態不好的，比如明顯有寄生蟲、殘疾等不適合的剔除了，省的以后麻煩。在觀察期間還會死魚，除了體質問題外，還有一個因素是水體各元素含量不同導致的。