泛凋亡！TRIM56調節YBX1泛素化降解

來源：發布時間：2024-11-12

脊髓損傷(SCI)是中SHU神經系統嚴重損傷，治LIAO 極具挑戰。促炎性細胞死亡影響神經炎癥和損傷預后。PANoptosis是新發現的促炎性細胞死亡類型，通過PANoptosome調節多種細胞死亡執行分子JI活，為SCI治LIAO 提供新靶點，但其具體作用和機制尚待闡明。

2024年9月，浙江大學醫學院***附屬醫院團隊在Advanced Science（IF=14.3）上，發表“TRIM56 Modulates YBX1 Degradation to Ameliorate ZBP1-Mediated Neuronal PANoptosis in Spinal Cord Injury”的研究成果。揭示了YBX1在SCI發病機理中調節ZBP1介導的PANoptosis的新功能，為SCI的治LIAO 策略提供了新的見解。

圖形摘要：

Highlights如下：

1）SCI后神經元中的YBX1表達明顯增加。

2）YBX1通過ZBP1介導PANoptosis，促進脊髓損傷。

3）機制上，TRIM56與YBX1結合，促進其泛素化，從而加速其降解，導致YBX1穩定Zbp1 mRNA能力下降，ZBP1的表達減少，進一步減弱ZBP1介導的PANoptosis，抑制脊髓損傷。

表達相關性：

SCI后神經元中的YBX1表達明顯增加。

功能研究：

YBX1敲除抑制神經元的PANoptosis，促進脊髓損傷后的功能恢復。

機制研究：

（1）YBX1通過調節Zbp1的穩定性來調節脊髓損傷后神經元的PANoptosis

YBX1是一個重要的細胞內RBP，因此YBX1可能通過影響相關RNA影響脊髓損傷小鼠的預后。RIP-seq實驗發現，YBX1-RIP組中Zbp1的富集程度高于IgG組（圖1a）。RIP-PCR實驗結果也支持這一結果（圖1b）。而WB和qPCR實驗表明，Zbp1 mRNA的豐度和ZBP1的蛋白表達與YBX1表達的變化相關（圖1c-e）。結果表明，YBX1通過增加Zbp1的穩定性來促進ZBP1的蛋白表達。

后續的功能研究結果顯示，ZBP1敲除可有效抑制YBX1過表達引起的Cle-CASP1、GSDMD-N、Cle-CASP3、p-RIPK3和p-MLKL水平升高，及IL-18和IL-1β水平升高（圖1f-i）。表明ZBP1介導的PANoptosis在SCI后神經元中發生，并受YBX1調節。

圖1 YBX1通過調節Zbp1的穩定性來調節脊髓損傷后神經元的PANoptosis（Ref. Fig 3/S4-7）

（2）TRIM56 與 YBX1 相互作用

第一步，確定調節YBX1表達的潛在機制---泛素-蛋白酶體降解途徑

為了進一步確定調節YBX1表達的潛在機制，泛素-蛋白酶體降解途徑和自噬-溶酶體途徑是細胞內蛋白質降解的兩種重要途徑。用MG132、3MA和CQ處理原代神經元（3MA是一種普遍使用的抑制細胞自噬的抑制劑，可抑制III類PI3K；CQ通過增加酸性內體/溶酶體的pH值來破壞溶酶體功能；MG132是一種普遍使用的泛素-蛋白酶體降解途徑抑制劑。），發現MG132處理后，YBX1的表達水平升高（圖2a）。表明泛素-蛋白酶體降解途徑可能是YBX1在神經元中的主要調節機制。

第二步，確定TRIM56與YBX1相互作用

IP-MS和分子對接分析顯示，E3泛素連接酶TRIM56與YBX1強結合（圖2b-e）。細胞水平內源性、外源性Co-IP實驗證實TRIM56與YBX1相互作用（圖2f-h）。另外，Co-IP實驗分析發現，在SCI模型小鼠和OGD處理過的神經元中，TRIM56的表達及其與YBX1的結合均減少（圖2i-j）。表明TRIM56與YBX1之間存在相互作用。

第三步，確定TRIM56與YBX1相互作用的結合區域

構建一系列截短的Myc標簽YBX1載體，進行Co-IP實驗，以確定YBX1 TRIM56特異性結合的區域。Co-IP結果顯示，TRIM56只與YBX1的M3(Δ126-324)片段結合（圖2k-l）。表明TRIM56與YBX1之間存在直接相互作用。

圖2 TRIM56與YBX1 相互作用（Ref. Fig 4/S9）

（3）TRIM56促進YBX1的泛素化和降解

第一步，TRIM56促進YBX1降解

為了明確調節TRIM56是否會影響YBX1的泛素化和降解。發現添加MG132可以消除TRIM56過度表達導致的YBX1表達下降，而該處理對Ybx1 mRNA水平沒有影響（圖3a-b）。CHX用于抑制細胞內蛋白質合成，在該條件下，發現TRIM56的過表達明顯縮短YBX1的半衰期，而沉默TRIM56則明顯延長YBX1的半衰期（圖3c-f）。

第二步，TRIM56促進YBX1的泛素化降解

Co-IP分析顯示，TRIM56過表達后，YBX1的泛素化水平明顯增加，而YBX1的表達則明顯降低（圖3g-h）。分別構建TRIM56 WT、突變體，進行Co-IP實驗，發現TRIM56的過表達明顯促進YBX1的泛素化和降解，但C21/24A突變體TRIM56沒有這種效果（圖3i-k）。此外，當過表達C21/24A突變體時，不會發生因TRIM56過表達導致的YBX1半衰期縮短（圖3l）。結果表明TRIM56直接泛素化YBX1，以促進其蛋白酶體降解。

圖3 TRIM56促進YBX1的泛素化和降解（Ref. Fig 5）

結論：該研究利用蛋白質組發現SCI后神經元中的YBX1表達明顯增加。功能上，YBX1敲除促進脊髓損傷后的功能恢復。機制上，TRIM56與YBX1結合并促進其泛素化，從而加速其降解，導致YBX1保護Zbp1 mRNA穩定性降低、表達下降，從而抑制ZBP1介導的PANoptosis，進而抑制脊髓損傷。為SCI的治LIAO 策略提供了新的見解。